中国第一历史档案馆的源头可以追溯到1925年10月10日，那天故宫博物院成立，下设图书馆，图书馆内又分图书部与文献部，文献部便是今天“一史馆”的最初形态。草创时期，它只管守着紫禁城里散乱的明清旧档，没人想到这些纸片日后会被尊为“国家记忆”。1927年它改称“掌故部”，1928年再更名“文献馆”，名字一变再变，却始终围着故宫红墙打转。1949年，文献馆被军管会接管，1951年5月正式定名为“故宫博物院档案馆”，第一次去掉“文献”二字，露出“档案”的真身，也第一次把管理范围缩到“档案”本身，不再兼管旧物杂件。
1955年12月，档案馆被整体划给国家档案局，第一次有了“国”字头的身份——“中国第一历史档案馆”，馆址仍留在故宫西华门内，但隶属关系已跳出博物院，成了中央级国家档案馆。此后它像一叶扁舟被时代浪潮卷进卷出：1959年并入新成立的中央档案馆，改称“明清档案部”；1969年又连人带档重回故宫，叫“故宫博物院明清档案部”；直到1980年4月，才再次从故宫独立，恢复“中国第一历史档案馆”全称，正式定为国家档案局直属文化事业单位，从此不再挪窝。1980年代的拨乱反正给它带来第一次科学化整理高潮，尘封的案卷被打开，满文、汉文、蒙文档案开始分库、分级、分主题编目，沉睡的“帝国记忆”逐渐苏醒。
进入新世纪，库房饱和、建筑老化、安防落后同时袭来，老馆已难承载千万件档案的安全与利用需求。2016年12月20日，位于南二环内、建筑面积达9.4万平方米的新馆破土动工，2020年10月28日竣工交付，随后皇史宬旧藏金柜、龙柜及120个金匮被整体迁入新馆，完成了百年来的第一次“出宫”。2025年10月10日，中国第一历史档案馆迎来建馆百年，当天开幕的“守望历史 传承文脉——明清档案事业百年发展历程”展，用千余件档案与影像概括了它从“文献部”到“国家记忆殿堂”的世纪长跑。如今，它守着1030余万件明清两代中央及皇室档案，其中明代档案仅三千余件，清代档案占绝对主体，语种涵盖汉、满、蒙、藏及少量西方文字，80%已完成整理编目，44个全宗近470万件档案已向社会开放，每年接待来自世界各地的学者与公众，在恒温恒湿的库房与数字化屏幕之间，继续履行“为国守史”的百年承诺。
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